Pour faire face au fardeau \u00e9lev\u00e9 du COVID-19 dans les maisons de soins infirmiers aux \u00c9tats-Unis, des tests rapides d'antig\u00e8ne SARS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 largement distribu\u00e9s dans ces \u00e9tablissements. Cependant, les donn\u00e9es de performance manquent, en particulier chez les personnes asymptomatiques.<\/p>\n\n\n
\u00c9valuer les performances des tests antig\u00e9niques du SRAS-CoV-2 lorsqu'ils sont utilis\u00e9s pour des tests \u00e0 l'\u00e9chelle de l'\u00e9tablissement lors d'une \u00e9closion dans une maison de soins infirmiers.<\/p>\n\n\n\n\n\n
Une \u00e9valuation prospective impliquant 3 s\u00e9ries de tests \u00e0 l'\u00e9chelle de l'\u00e9tablissement o\u00f9 des \u00e9chantillons respiratoires appari\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 collect\u00e9s pour \u00e9valuer les performances du test d'antig\u00e8ne BinaxNOW par rapport \u00e0 la culture virale et \u00e0 la r\u00e9action en cha\u00eene par polym\u00e9rase de transcription inverse en temps r\u00e9el (RT-PCR). L'infection pr\u00e9coce et tardive a \u00e9t\u00e9 d\u00e9finie \u00e0 l'aide des modifications des valeurs seuils du cycle RT-PCR et des r\u00e9sultats des tests ant\u00e9rieurs.<\/p>\n\n\n
Une maison de retraite avec une \u00e9pid\u00e9mie de SRAS-CoV-2 en cours.<\/p>\n\n\n
532 sp\u00e9cimens appari\u00e9s collect\u00e9s aupr\u00e8s de 234 r\u00e9sidents et membres du personnel disponibles.<\/p>\n\n\n
Pourcentage de concordance positive (PPA) et pourcentage de concordance n\u00e9gative (PNA) pour BinaxNOW par rapport \u00e0 la RT-PCR et \u00e0 la culture du virus.<\/p>\n\n\n
BinaxNOW PPA avec culture virale, utilis\u00e9 pour la d\u00e9tection de virus capables de se r\u00e9pliquer, \u00e9tait 95%. Cependant, le PPA global des tests d'antig\u00e8ne avec RT-PCR \u00e9tait de 69% et le PNA \u00e9tait de 98%. Lorsque seul le premier r\u00e9sultat de test positif a \u00e9t\u00e9 analys\u00e9 pour chaque participant, le PPA du test d'antig\u00e8ne avec RT-PCR \u00e9tait de 82% parmi 45 personnes symptomatiques et de 52% parmi 343 personnes asymptomatiques. Compar\u00e9 \u00e0 la RT-PCR et \u00e0 la culture virale, le test BinaxNOW a obtenu de bons r\u00e9sultats lors d'une infection pr\u00e9coce (86% et 95%, respectivement) et de mauvais r\u00e9sultats lors d'une infection tardive (51% et aucun virus r\u00e9cup\u00e9r\u00e9, respectivement).<\/p>\n\n\n
La d\u00e9termination pr\u00e9cise des sympt\u00f4mes \u00e9tait difficile chez les r\u00e9sidents des maisons de soins infirmiers\u00a0; les performances des tests peuvent ne pas \u00eatre repr\u00e9sentatives des tests effectu\u00e9s par du personnel ext\u00e9rieur au laboratoire.<\/p>\n\n\n
Malgr\u00e9 un accord positif inf\u00e9rieur par rapport \u00e0 la RT-PCR, la positivit\u00e9 du test antig\u00e9nique avait un accord plus \u00e9lev\u00e9 avec l'excr\u00e9tion du virus comp\u00e9tent pour la r\u00e9plication. Ces r\u00e9sultats sugg\u00e8rent que les tests antig\u00e9niques pourraient \u00eatre un outil utile pour identifier rapidement les personnes contagieuses \u00e0 risque de transmettre le SRAS-CoV-2 lors d'\u00e9pid\u00e9mies naissantes et aider \u00e0 r\u00e9duire le fardeau du COVID-19 dans les maisons de retraite.<\/p>\n\n\n
Aucun.<\/p>\n\n\n
Au 10 janvier 2021, aux \u00c9tats-Unis, 1 022 297 r\u00e9sidents et membres du personnel des maisons de retraite ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9s positifs pour le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, et 108 447 sont d\u00e9c\u00e9d\u00e9s (1<\/a>). Les r\u00e9sidents des foyers de soins peuvent \u00eatre asymptomatiques, pr\u00e9senter des sympt\u00f4mes atypiques ou \u00eatre incapables de verbaliser leurs sympt\u00f4mes, ce qui rend le diagnostic utilisant uniquement le d\u00e9pistage bas\u00e9 sur les sympt\u00f4mes inad\u00e9quat (2<\/a>, 3<\/a>). Des tests en s\u00e9rie \u00e0 l'\u00e9chelle de l'\u00e9tablissement pour le SRAS-CoV-2 peuvent aider \u00e0 identifier les cas dans les contextes d'\u00e9pid\u00e9mie, permettant une mise en \u0153uvre rapide de pr\u00e9cautions bas\u00e9es sur la transmission et de strat\u00e9gies de pr\u00e9vention et de contr\u00f4le des infections (3<\/a>, 4<\/a>). Bien que les tests de transcription inverse en cha\u00eene par polym\u00e9rase (RT-PCR) en temps r\u00e9el effectu\u00e9s en laboratoire aient la sensibilit\u00e9 la plus \u00e9lev\u00e9e, leur d\u00e9lai d'ex\u00e9cution prolong\u00e9 peut retarder la mise en \u0153uvre de la quarantaine et de l'isolement (5<\/a>, 6<\/a>). De plus, la RT-PCR peut \u00eatre un mauvais indicateur d'infectiosit\u00e9 parce que les gens peuvent \u00e9liminer des quantit\u00e9s mesurables d'ARN viral malgr\u00e9 l'absence de virus infectieux (7\u201310<\/a>). \u00c0 l'inverse, la capacit\u00e9 \u00e0 cultiver le virus \u00e0 partir d'\u00e9chantillons cliniques est une meilleure indication de la contagiosit\u00e9 que la RT-PCR (11<\/a>). Une culture virale positive est le plus souvent d\u00e9tect\u00e9e dans les 10 jours suivant son apparition ou lorsque les charges virales sont \u00e9lev\u00e9es (>7,0 log10<\/sub> copies\/mL) (12<\/a>, 13<\/a>).<\/p>\n\n\n Les tests antig\u00e9niques sont faciles \u00e0 utiliser et produisent des r\u00e9sultats en quelques minutes, ce qui facilite une action rapide, en particulier lors d'\u00e9pid\u00e9mies dans des environnements collectifs (4<\/a>, 14<\/a>, 15<\/a>). En 2020, la Food and Drug Administration des \u00c9tats-Unis a accord\u00e9 une autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) \u00e0 11 tests antig\u00e9niques rapides. Le d\u00e9partement am\u00e9ricain de la Sant\u00e9 et des Services sociaux en a envoy\u00e9 3, y compris la carte Ag Abbott BinaxNOW COVID-19, aux maisons de retraite du pays (16<\/a>). Selon les EUA des 3 produits, chez les personnes symptomatiques test\u00e9es 5 \u00e0 7 jours apr\u00e8s le d\u00e9but des sympt\u00f4mes, le pourcentage de concordance positive (PPA) des tests antig\u00e9niques avec RT-PCR est de 84% \u00e0 99% et le pourcentage de concordance n\u00e9gative (PNA) reste proche \u00e0 100% (16<\/a>). Cependant, les performances des tests antig\u00e9niques chez les personnes asymptomatiques et celles dont le d\u00e9lai d'apparition des sympt\u00f4mes est plus long que celui d\u00e9fini dans les EUA ne sont pas bien caract\u00e9ris\u00e9es, avec des rapports mitig\u00e9s sur les performances et des inqui\u00e9tudes concernant les r\u00e9sultats faussement positifs (16\u201319<\/a>). Bien que les mod\u00e8les math\u00e9matiques aient sugg\u00e9r\u00e9 des avantages potentiels de tests fr\u00e9quents et rapides, m\u00eame avec des tests \u00e0 faible PPA, il existe des donn\u00e9es limit\u00e9es sur les performances des tests antig\u00e9niques pour d\u00e9tecter les premi\u00e8res infections par le SRAS-CoV-2 lorsque les personnes sont les plus susceptibles d'\u00eatre contagieuses (20\u201322<\/a>).<\/p>\n\n\n Le 7 octobre 2020, une maison de retraite de 149 lits en G\u00e9orgie a identifi\u00e9 son cas index de COVID-19 chez un r\u00e9sident \u00e0 l'aide du test d'antig\u00e8ne BinaxNOW, ce qui a entra\u00een\u00e9 des tests d'antig\u00e8ne suppl\u00e9mentaires dans l'\u00e9tablissement. Malgr\u00e9 les tentatives de mise en \u0153uvre de mesures d'att\u00e9nuation, y compris la cohorte, 43 r\u00e9sidents et 5 membres du personnel avaient \u00e9t\u00e9 test\u00e9s positifs pour le SRAS-CoV-2 au 21 octobre. Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont travaill\u00e9 avec le Georgia Department of Public Health pour \u00e9valuer les performances du test antig\u00e9nique BinaxNOW par rapport \u00e0 la RT-PCR et \u00e0 la culture virale. Ce rapport d\u00e9crit les caract\u00e9ristiques de test de la plateforme de test d'antig\u00e8ne BinaxNOW lorsqu'elle est utilis\u00e9e pour des personnes symptomatiques et asymptomatiques test\u00e9es en s\u00e9rie tous les 5 ou 6 jours lors d'une \u00e9pid\u00e9mie en maison de retraite.<\/p>\n\n\n Entre le 22 octobre et le 3 novembre 2020, des tests en s\u00e9rie \u00e0 l'\u00e9chelle de l'\u00e9tablissement de tous les r\u00e9sidents et du personnel ont \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9s 3 fois sur une p\u00e9riode de 13 jours au cours d'une \u00e9pid\u00e9mie de SRAS-CoV-2 en cours. Des \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s aupr\u00e8s de tous les r\u00e9sidents et membres du personnel disponibles et consentants pr\u00e9sents les jours de test, y compris les personnes identifi\u00e9es comme SRAS-CoV-2 positives avant le 21 octobre. Au cours de la premi\u00e8re s\u00e9rie de tests \u00e0 l'\u00e9chelle de l'\u00e9tablissement, le personnel form\u00e9 du projet a pr\u00e9lev\u00e9 des \u00e9couvillons bilat\u00e9raux appari\u00e9s des narines ant\u00e9rieures (AN) des r\u00e9sidents pour le test d'antig\u00e8ne et la RT-PCR et, aupr\u00e8s du personnel de la maison de retraite, un \u00e9couvillon AN pour le test d'antig\u00e8ne et un \u00e9couvillon nasopharyng\u00e9 \u00e0 partir d'un seul naris pour RT-PCR. En raison de l'intol\u00e9rance du patient, l'\u00e9couvillonnage nasopharyng\u00e9 a \u00e9t\u00e9 interrompu au cours des deuxi\u00e8me et troisi\u00e8me s\u00e9ries de tests et des \u00e9couvillonnages AN bilat\u00e9raux appari\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s aupr\u00e8s des r\u00e9sidents et du personnel (Annexe 2<\/a>). Tous les \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s conform\u00e9ment aux directives du CDC pour la collecte et la manipulation des \u00e9chantillons (4<\/a>). Des scientifiques de laboratoire form\u00e9s ont test\u00e9 1 \u00e9couvillon AN sur place \u00e0 l'aide des cartes Ag BinaxNOW COVID-19 conform\u00e9ment aux instructions d'utilisation du fabricant (23<\/a>). L'autre a \u00e9t\u00e9 envoy\u00e9 au CDC pour RT-PCR et test de r\u00e9f\u00e9rence de culture virale.<\/p>\n\n\n L'\u00e9tablissement a fourni les caract\u00e9ristiques d\u00e9mographiques et les r\u00e9sultats des tests antig\u00e9niques ant\u00e9rieurs pour les r\u00e9sidents et le personnel. Du 7 au 21 octobre, l'\u00e9tablissement a utilis\u00e9 exclusivement le test BinaxNOW, et la positivit\u00e9 ant\u00e9rieure de l'antig\u00e8ne a \u00e9t\u00e9 d\u00e9finie comme tout r\u00e9sultat positif \u00e0 un test SARS-CoV-2 pendant cette p\u00e9riode. \u00c0 chaque visite, le personnel du projet a administr\u00e9 un questionnaire standardis\u00e9 \u00e9valuant les sympt\u00f4mes de type COVID-19 (24<\/a>). Les r\u00e9sidents valides et le personnel ont signal\u00e9 eux-m\u00eames les sympt\u00f4mes au moment du test. Pour les r\u00e9sidents qui ne pouvaient pas se d\u00e9clarer eux-m\u00eames, les informations sur les sympt\u00f4mes ont \u00e9t\u00e9 obtenues aupr\u00e8s du personnel infirmier et des dossiers m\u00e9dicaux \u00e9lectroniques et confirm\u00e9es par les r\u00e9sidents, si possible. Un participant symptomatique a \u00e9t\u00e9 d\u00e9fini comme un r\u00e9sident ou un membre du personnel qui, au moment de la collecte, a signal\u00e9 des sympt\u00f4mes nouveaux ou aggrav\u00e9s similaires \u00e0 ceux de la COVID-19 (24<\/a>) dans les 14 jours pr\u00e9c\u00e9dant cette s\u00e9rie de tests.<\/p>\n\n\n Les \u00e9chantillons des participants ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9s pour l'ARN du SRAS-CoV-2 par RT-PCR \u00e0 l'aide du test multiplex CDC Influenza SARS-CoV-2 (Flu SC2) (25<\/a>) sur l'instrument de PCR en temps r\u00e9el Applied Biosystems 7500 Fast Dx (Thermo Fisher Scientific). L'acide nucl\u00e9ique a \u00e9t\u00e9 extrait par les plateformes d'extraction QIAGEN EZ1 ou Roche MagNA Pure 96. Des valeurs de seuil de cycle (Ct) ont \u00e9t\u00e9 signal\u00e9es pour la cible du g\u00e8ne de la prot\u00e9ine de la nucl\u00e9ocapside virale du SRAS-CoV-2. Les valeurs inf\u00e9rieures \u00e0 40 indiquaient qu'un \u00e9chantillon \u00e9tait positif pour l'ARN du SRAS-CoV-2. L'exp\u00e9rience pr\u00e9c\u00e9dente a montr\u00e9 une incapacit\u00e9 \u00e0 d\u00e9tecter le virus positif \u00e0 la culture dans les \u00e9chantillons avec un Ct sup\u00e9rieur \u00e0 34. Par cons\u00e9quent, la culture du virus a \u00e9t\u00e9 tent\u00e9e sur des \u00e9chantillons positifs \u00e0 la RT-PCR avec des valeurs de Ct de 34 ou moins et n\u00e9gatifs \u00e0 la RT-PCR, positifs \u00e0 l'antig\u00e8ne sp\u00e9cimens. La culture a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 l'aide de cellules Vero CCL-81, comme d\u00e9crit pr\u00e9c\u00e9demment (26<\/a>). Les cellules montrant un effet cytopathique jusqu'\u00e0 8 jours apr\u00e8s l'inoculation de la culture ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9es pour la pr\u00e9sence de SRAS-CoV-2 par RT-PCR pour confirmer l'isolement du virus et la croissance en culture (Annexe 2<\/a>).<\/p>\n\n\n Les \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 class\u00e9s en stades d'infection \u00e0 l'aide des r\u00e9sultats des tests ant\u00e9rieurs et des valeurs Ct. Les stades ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9finis comme pr\u00e9coces (valeurs de Ct faibles ou d\u00e9croissantes), tardifs (valeurs de Ct croissantes ou \u00e9lev\u00e9es soutenues), r\u00e9solus (r\u00e9sultat de test n\u00e9gatif chez une personne avec un r\u00e9sultat positif ant\u00e9rieur) ou non infect\u00e9s (r\u00e9sultats n\u00e9gatifs cons\u00e9cutifs dans des \u00e9chantillons provenant d'une personne avec pas de r\u00e9sultat positif pr\u00e9alable). Tableau 1<\/a>donne des d\u00e9finitions compl\u00e8tes.<\/p>\n\n\nM\u00e9thodes<\/h5>\n\n\n
Conception de l'\u00e9tude et sources de donn\u00e9es<\/h5>\n\n\n